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エンドトキシンとは、グラム陰性菌(大腸菌や赤痢菌、サルモネラ菌、レジオネラ菌、その他にも多数の種類があります。)の細胞壁を構成しているリポ多糖(リポポリサッカライド  通称LPSと呼びます。)のことで、日本語では内毒素と呼ばれています。

グラム陰性菌が生きている間には増殖時(細胞分裂時)に少量が、菌が死んだり破壊されると、細胞壁から大量に分離し、人体に様々な問題を引き起こします。なお、細菌が生きている間、生存活動を行うために放出する毒素のことはエキソトキシン(日本語では外毒素)と呼びます。

エンドトキシンを除去、または失活させるのは大変困難で、250度以上の高温で30分以上の加熱が必要となります。エンドトキシンはグラム陰性菌がいる場所には常に存在しており、例えば我々が普段口にする食べ物や飲み物の中にも大量のエンドトキシンが含まれていると言われています。(調理によってグラム陰性菌が死滅しても、エンドトキシンは失活しない為。)しかし、食べ物に含まれるエンドトキシンは、人体の健康状態や摂取した量にもよりますが、腸のバリヤ機能により、体内へはほとんど吸収されず、また、吸収された場合でも少量であれば肝臓で分解され、無毒化されると言われています。

一方、傷口などから、体内に直接エンドトキシンが大量に入り込むと、敗血症などを引き起こしてしまい、最悪は死に至ります。その為、体内に直接装着する医療機器や、注入する医薬品などは、エンドトキシンフリーであることが必要になります。